در بررسی اولیه نمونه مدفوع، نمونه از لحاظ شکل و قوام، رنگ، وجود موکوس و همچنین از نظر میکروسکوپی حرکت تروفوزوئیت تک یاخته ها، میزان WBC, RBC ، مواد غذایی هضم نشده مورد آزمایش قرار می گیرد. این بررسی می تواند کمک بسیار زیادی به تشخیص عفونتهای انگلی، خونریزی های دستگاه گوارش، اسهال، سوء جذب و … نماید. بررسی اولیه نمونه مدفوع باید روی نمونه تازه و فاقد ماده نگهدارنده انجام شود. تروفوزوئیت تک یاخته ها در محیط خارج از بدن، سریع از بین می رود، بنابراین نمونه تازه کمک شایانی به تشخیص عفونتهای انگلی می کند.
وجود خون وموکوس می تواند به دلیل عفونت آمیبی، باکتریایی ، التهاب، کولیت، بدخیمی باشد که جهت یافتن تروفوزوئیت آمیب ها باید از قسمت های خونی و موکوسی مدفوع نمونه برداشت شود.
معمولا مدفوع طبیعی دارای رنگ قهوه ای است و با رژیم غذایی، مصرف دارو و بیماری رنگ آن تغییر می کند. مصرف سبزیجات رنگ مدفوع را سبز ، یرقان انسدادی رنگ مدفوع را خاکستری متمایل به سفید، در اثر خونریزی در قسمت بالای دستگاه گوارش مدفوع سیاه قیری شکل، مصرف گوشت، رنگ آنرا تیره و مصرف لبنیات رنگ آنرا روشن می سازد.
بررسی اولیه نمونه‌های خونی، موکوئیدی، اسهالی هر چه سریعتر باید انجام گردد.
در صورت عدم انجام به موقع آزمایش، بهتر است نمونه مدفوع را در ماده نگهدارنده قرار داد و آن را در فرصت مناسب آزمایش نمود.
تخم ها، لاروها و کیست های تک یاخته ها در نمونه هایی که در یخچال نگهداری می شوند به مدت ۵- ۳ روز بدون تغییر شکل حفظ می شوند.توجه شود نگهداری مدفوع در دمای پایین تر از صفر، خصوصیات ظاهری انگل را تغییر می دهد.
نگهداری نمونه مدفوع در انکوباتور موجب تخریب انگل می شود.
تروفوزوئیت آمیب ها و تاژکداران بیشتر در نمونه های آبکی یا شل دیده می شود و در درجه حرارت اتاق سریع از بین می روند.
تخمها و لاروها در هر نمونه ای با هر گونه قوام ممکن است مشاهده شوند اما در نمونه های آبکی به علت رقیق بودن نمونه، شانس یافتن آنها کم می شود.
بعضی مواقع کرم آسکاریس، کرمک و یا بندهای کرمهای نواری ممکن است در نمونه مدفوع مشاهده شوند. کرم تریکوسفال، کرم قلابدار و هیمنولپیس نانا بندرت ممکن است در مدفوع دیده شود. به طور معمول دفع این کرمها بعد از درمان یا مصرف مسهل مشاهده می گردد.
در مورد بیماری های انگلی (کرمها)، آزمایش مدفوع را باید ۱ تا ۲ هفته بعد از درمان، تکرار نمود. همچنین در مورد بیماری هایی انگلی ( تک یاخته)، این آزمایش باید ۳ تا ۴ هفته بعد از درمان انجام شود و توصیه می شود افرادی که آلوده به کرم تنیا هستند، ۶-۵ هفته بعد از درمان، آزمایش را تکرار نمایند.
