رایج ترین کاربرد آزمایش مدفوع تشخیص انواع مختلف انگل های بیماری زا در روده است افرادی که مدفوع آنها مورد آزمایش قرار می گیرند باید برای مدت 7 تا 10روز پیش از انجام این آزمایش از درمان با روغن کرچک یا روغن های معدنی بیسموت، منیزیم ،ترکیبات ضد اسهال ،تنقیه با باریوم خودداری نمایند بهتر است این آزمایش در سه نوبت انجام شود. نمونه مدفوع باید مستقیما در ظرفی که از طرف آزمایشگاه در اختیار بیمار قرار می گیرد جمع آوری شود. اگر بیمار بستری است نمونه را در یک ظرف خشک جمع آوری نموده و سپس با استفاده از چوب مخصوص (آبسلانگ)نمونه را به ظرف نگهدارنده برچسب دار منتقل نمائید در صورت مشاهده کرم و هر مورد مشکوک به آزمایشگاه اطلاع دهید. نمونه مدفوع نباید با ادرار یا اب مخلوط شود زیرا ادرار می تواند برخی از انگل های فعال را از بین ببرد. بیماران باید نمونه جمع آوری شده را خصوصا در موارد مشکوک به اسهال خونی بلافاصله به آزمایشگاه ارسال کنند ونمونه را تا قبل از تحویل به آزمایشگاه در جای خنک مانند یخچال نگه داری شود.
نکات مهم :لطفا برچسب تمیز باقی بماند که اسم خوانا باشد و از بخش خلطی یا خونی مدفوع درون قوطی ریخته شود بعد از اوردن آخرین قوطی از مسئول پذیرش زمان جواب آزمایش را بپرسید وبه مسئول مربوطه در مورد تحویل تمام نمونه ها تاکید نمایید.