میکروب‌شناسی علمی است که در درباره شکل، ساختمان، متابولیسم و کلیه ویژگی های موجودات زنده ذره بینی بحث می کند و رابطه این موجودات را با بعضی بیماریهای انسان، جانوران و گیاهان مورد بررسی قرار می دهد. بخش میکروب شناسی آزمایشگاه میلاد تهرانپارس به صورت مجزا از سایر بخش ها و مجهز به تجهیزات مدرن و اختصاصی می باشد.
این بخش دارای قسمت نمونه برداری می باشد که با رعایت شرایط استریل نمونه برداری از زخم و ضایعات پوستی و نیز نمونه برداری از چشم، گوش، بینی، گلو و سایر نقاط بدن انجام می گردد. همچنین این بخش دارای قسمتهای مجزای کشت میکروبی، محیط سازی، انکوباسیون و استریلیزاسیون می باشد. 
در این بخش به طور معمول جهت جستجوی عامل بیماریزا کشت کلیه مایعات وترشحات بدن درشرایط استریل در محیطهای کشت میکروبی و همچنین رنگ آمیزی ها و آزمایشات مستقیم باکتری شناسی بر روی تمامی باکتری های هوازی انجام می گردد. متعاقب شناسایی عوامل بیماریزا آزمایش آنتی بیوگرام انجام شده و حساسیت عوامل بیماریزا نسبت به آنتی بیوتیک های مختلف بررسی می شود.

همانند سایر بخش‌های آزمایشگاه بخش میکروب شناسی نیز دارای برنامه‌ی کنترل کیفی براساس الزامات مرجع سلامت و سایر استانداردهای آزمایشگاهی معتبر می باشد که روزانه توسط مسوول بخش میکروب شناسی ومسوول کنترل کیفی آزمایشگاه اجرا و نظارت می‌گردد.

انجام کنترل کیفی دقیق روزانه همراه با داشتن تخصص و تجربه کافی کارکنان این بخش، همچنین استفاده از مواد اولیه مرغوب و معتبر در کنار بهره مندی از امکانات ویژه کشت و جداسازی انواع نمونه های میکروبی، تشخیص صحیح، به موقع و موثر بیماری های عفونی را فراهم نموده است.